Ursprünglich wird die Entstehung der Lagenser Kirche der Verwaltung des Paderborner Bischofs zugewiesen. Sie war Johannes dem Täufer oder Johannes dem Evangelisten geweiht.

Bei  der Kirche lassen sich neun Bau-Perioden feststellen: die  ältesten  etwa      1000-jährigen Kirchenfundamente weisen auf einen rechteckigen Saalbau mit quadratischem Chor aus (vor-) romanischer Zeit hin.(Periode I) Bei dem Lagenser Kombinations-Chor eckig-rund  vermutet man, dass die Kirche im 9., spätestens       10. Jahrhundert errichtet worden ist. Ungeklärt bleibt, warum die westliche Hälfte der Südwand durch eine neue Mauer ersetzt wurde, deren Fundament im Durchschnitt 1,10m breit war.

In der zweiten Hälfte des 12. Jahrhunderts wurde der Turm, das älteste bis heute erhaltene Gebäudeteil, errichtet.(Periode IV). Man fand auch den Abdruck eines Taufsteinpostaments im südöstlichen Viertel des Raumes mit einem Durchmesser von 2,30m; im Zentrum war offensichtlich ein Abflussloch. Dies deutet darauf hin, dass die Kirche als Taufkirche bedeutend gewesen sein dürfte. Mitte des 13. Jahrhunderts entstand ein neuer gestreckt rechteckiger Chorraum. Außerdem wurde noch ein kapellenartiger Anbau an die Nordseite gesetzt.(Periode V). Um 1300 wurde das Langhaus ohne die zuletzt erneuerte Nordwand und der Chor durch einen Neubau ersetzt. (Periode VI). In der Folgezeit wurde der Annexbau neu errichtet.(Periode VII). Ebenfalls wachsender Raumbedarf könnte zur Verlängerung des Anbaus nach Westen geführt haben, wodurch ein neues Seitenschiff entstand.(Periode VIII). Im 15. Jahrhundert erfolgte der Ausbau zur spätgotischen Hallenkirche (Periode IX). Beibehalten wurden Turm, Chorraum und die beiden zuletzt errichteten Joche des nördlichen Seitenschiffes. Die Kirche war 1471 fertiggestellt und hat ihre äußere Gestalt bis heute behalten.

1274 ist urkundlich der erste Lagenser Pfarrer erwähnt.

1596 wird der erste reformierte Geistliche benannt.

1844 wurden Gestühl und Emporen eingebaut.

Wandmalereien aus dem 15. Jahrhundert konnten nachgewiesen werden. "Die Proben .... lassen erkennen, dass sich zum großen Teil erhaltene spätgotische Malerei unter dem heutigen Farbanstrich verbirgt." Eine überlebensgroße Christopherusgestalt im Chorraum konnte sichtbar gemacht werden, ebenso dekorative Rankenmalerei an den Gewölbekappen.

Die Glocke Maria von 1518, die älteste und größte der dreien, von 1,45m Durchmesser und 1900 kg Gewicht, musste 1942 abgegeben werden, wurde aber glücklicherweise nicht eingeschmolzen, sondern konnte 1951 wieder zurückgeholt werden. Die beiden alten Glocken von 1754 und 1836 waren bereits 1917 zu Kriegszwecken eingeschmolzen worden. Die Glocke von 1925 ist ebenfalls denkmalwürdig, da nur wenige aus dieser Zeit erhalten geblieben sind.

Ein Glockenspiel mit 13 Glocken, gestiftet von dem Lagenser Original Rudolph Tellbüscher,  erfreut mit seinen Melodien seit September 2002 die Bürger rund um den Marktplatz.